1982年3月，深圳经济特区从全国各大设计院调入了近百名工程师，组建了深圳市建筑设计院。1985年10月，在原深圳市建筑设计院四室、五室和部分三室的基础上，组建了"深圳市建筑设计二院"，是具有独立资质的国家甲级设计单位，这就是本院的前身。1992年5月，深圳市建筑设计总院成立，本院更名为"深圳市建筑设计总院第二设计院"，仍是独立资质的国家甲级设计院。1999年8月，总院将下属三个院的资质合并为"深圳市建筑设计研究总院"，本院作为总院属下的独立核算单位。　　
　　
　　深圳市建筑设计研究总院第二设计院现有在职人员330多人，其中专业人员占92%。有一级注册建筑师 21 名，一级注册结构工程师 22名。建院以来，完成了大量的设计项目，业绩遍及全国各地三十多个城市，获部、省、市级优秀设计奖多项。近年来，我院立足深圳、面向全国，并积极拓展国际合作空间，已有数次与国外设计事务所合作的成功经验。 1997 年，本院通过 ISO9001:1994 质量体系认证，是全国首批通过认证的设计单位之一。